Głównym celem funkcjonowania instytutu jest służenie polskiemu społeczeństwu poprzez wspieranie władz państwowych oraz samorządowych w optymalizacji zarządzania miastami i ich obszarami funkcjonalnymi, tworzeniu polityk publicznych w oparciu o wiedzę i rzetelne dane, a także szeroko pojętym kształtowaniem przestrzeni oraz rozwojem lokalnym i regionalnym.